Надсекретну програму задумали для того, щоб ефективніше вербувати іноземних агентів та покращити техніку допитів підозрюваних. Холодна війна набирала обертів, в СРСР активно розробляли ядерну зброю, і достовірна інформація була критично необхідна для американців.
Для отримання даних експерти ЦРУ розробили різноманітні революційні методики. Досліди проводили на звичайних людях, які зверталися до психіатричних клінік із незначними розладами.
Нещасних накачували ЛСД, лікували дозами електрошоку, в десятки разів більшими від норми. Один із дослідів полягав у наступному. Піддослідного вводили в медикаментозну кому, непритомному пацієнту кілька днів поспіль прокручували один і той самий магнітофонний запис. Це робили для того, аби перевірити, чи можна запрограмувати людину на підсвідомому рівні.
Фінансували програму більш ніж щедро. Щороку із загального бюджету ЦРУ на МК УЛЬТРА виділяли 5%, і це не враховуючи непідзвітних сум. У програмі брали участь 44 університети, десятки психіатричних клінік та кілька в'язниць.
Громадськість дізналася про МК УЛЬТРА випадково. Після гучного розслідування виявилося, що ЦРУ встигло знищити головні документи, які стосувалися кількості піддослідних та тривалості експериментів. Через це МК УЛЬТРА стала епізодом так званої теорії змов. Чимало американців і досі вірять, що в дитинстві пройшли через секретну програму, якою їм стерли пам’ять або ж запрограмували на протиправні дії.