Гонгадзе почав публікувати матеріали, що стосуються тодішнього президента Кучми, починаючи з квітня 2000-го року. У своїх статтях Георгій викривав верхівку влади у зв'язках з організованою злочинністю і оприлюднив численні корупційні схеми, в яких був задіяний президент.
Стежити за журналістом почали влітку 2000-ного року. Гонгадзе всюди супроводжував автомобіль "Жигулі", з якого майже неприховано вели відео- та фотозйомку. Незважаючи на численні звернення в прокуратуру, правоохоронці відмовилися розслідувати справу і захистити журналіста.
16 вересня близько 11 години вечора Гонгадзе вийшов з роботи і пропав. 2 листопада в лісі біля Таращі було знайдено обезголовлений труп. Дружина і друзі впізнали у ньому Георгія. А 28 листопада, через два місяці після зникнення Гонгадзе, Олександр Мороз оприлюднив так звані плівки Мельниченка.
Із записів, таємно зроблених майором СБУ в кабінеті Леоніда Кучми, громадськість дізналася, що президент вимагав від свого найближчого оточення позбутися надокучливого журналіста. Підозра в організації вбивства одразу ж впала на тодішнього міністра внутрішніх справ Юрія Кравченка, главу СБУ Леоніда Деркача та керівника адміністрації президента Володимира Литвина.
Розслідування вбивства Гонгадзе тривало довгі 13 років. У 2009-му було затримано одного з виконавців убивства – генерала Пукача. Його в 2013-му визнали винним та засудили до довічного увязнення. Під час оголошення вироку Пукач заявив – Гонгадзе він убив на замовлення Кучми, Литвина та Кравченка. Останній покінчив життя самогубством за загадкових обставин у 2005-му році, Кучма та Литвин і досі перебувають на волі. Кримінальні справи проти них закрито.