Деякі громадські діячі Аргентини, зазначимо, звинувачують Франциска у тому, що він закривав очі на арешти під час військової диктатури 1976-1983 років. Втім, за іншими даними, саме завдяки Хорхе Маріо Бергольо з тюрми було звільнено щонайменше двох священиків.
Ватикан рішуче відкинув звинувачення папи Франциска у зв'язках з аргентинською хунтою. Офіційний представник Святого Престолу Федеріко Ломбарді заявив, що такі закиди надходять від "лівих антиклерикальних" сил.