События начались за два дня до этого, когда группа протестующих выступила с требованием освободить 23 местных предпринимателей, по их мнению, арестованных незаконно. Позже вооруженная группа людей захватила военный гарнизон и тюрьму.
13 мая 2005 года люди стали собираться на центральную площадь Бабура в надежде на то, что власть услышит их требования. Однако, в город были введены войска — по митингующим открыли огонь из тяжелой артиллерии.
Правительство Узбекистана назвало цифру в 187 человек, которые были убиты. Свидетели же сообщают о сотнях погибших. Власть не признает, что потери связаны с действиями правоохранительных органов. Всю вину возлагают на якобы исламистских экстремистов.
Международное сообщество неоднократно призывало власти Узбекистана провести независимое расследование андижанских событий, однако 10 лет спустя этого еще не произошло.