Последние годы жизни Алиев страдал от низкого артериального давления и боли в сердце. Во время торжественного выступления в апреле 2003 года Алиеву несколько раз становилось плохо.
После госпитализации глава государства почти не появлялся на публике, и снял свою кандидатуру с президентских выборов в пользу сына - Ильхама Алиева.