А в листопаді 2008 року на "Нерпі"сталася аварія з людськими жертвами. Трагедія сталася під час випробувань в Японському морі. В одному з відсіків підводного човна спрацювала система пожежегасіння, і він став наповнюватися отруйним фреоном. Від отруєння газом загинули 20 людей - троє військових і 17 цивільних фахівців.
Військове слідче управління пред'явило звинувачення в спричиненні смерті з необережності матросові підводного човна Дмитру Гробову. За версією слідства, він з цікавості натискав різні кнопки й ненавмисно включив систему хімзахисту. У грудні 2009 року після кількох місяців ремонту човен увійшов до складу Військово-морського флоту Росії.