Он умер в своем баварском доме в Пекинге на Штарнбергськом озере в окружении родных и близких.
Отто фон Габсбург был старшим сыном последнего австрийского кайзера Карла I и эрцгерцогини Циты Пармской. Родился 20 ноября 1912 года в нижнеавстрийском Райхенау. После распада Австро-Венгерской империи семья Отто была вынуждена покинуть родину и отправилась в ссылку сначала в Швейцарию, а затем на Мадейру, где Карл I скончался в 1922 году.
Наследный принц вырос в Испании и Бельгии. Отто фон Габсбург активно боролся против немецких национал-социалистов, пытаясь помешать аншлюсу Австрии. Во время Второй мировой войны уехал из Европы в США.
В течение почти 50 лет ему не разрешали въезд в Австрию. Запрет австрийские власти сняли лишь в 1966 году после долгого судебного разбирательства. Кроме немецкого, Отто фон Габсбург имел также австрийское, венгерское и хорватское гражданства.