Новий варіант коронавірусу захоплює континенти: чому всі говорять про штам Лямбда

Новий варіант у Латинській Америці 

Новий варіант Лямбда поводив себе тихо впродовж дев'яти місяців, але тепер викликає майже всі інфекції в Перу, пише National Geographic.

Стаття є адаптованим перекладом. Посилання на першоджерела вказані у тексті

Ще в грудні його доля була 0,5%, тепер – 90%.А ця країна вже й так страждає від серйозної пандемії коронавірусу. Лямбду (він же – C37) вперше знайшли в країні Інків у серпні 2020 року. Він встиг поширитись на більшу частину Латинської Америки, а загалом – на 29 країн. 

Читайте ще Коронавірус у Перу: пекло одного з епіцентрів пандемії

Варіант Лямбда вже викликав велике число заражень, які стали другою перуанською хвилею. В сусідньому Чилі Лямбда відповідальний за 31% випадків, генетику яких вдалося вивчити й це лише за два місяці. Це стається всупереч вакцинації понад 50% населення Чилі. 

Можливо, провина лежить на слабкій вакцині – в Чилі активно використовують китайське щеплення CoronaVac. Чилійський Університет довів, що одна доза ефективна лише на 3%, тоді як дві дають захист лише на 56.5%. Інша причина – обмеження зняли занадто рано через високий рівень вакцинації. 

Новий варіант коронавірусу потрохи поширюється світом / Графіка Down to Earth

Пабло Цукаяма, мікробіолог з Університету Перуано Каетана Ередія в Лімі першим помітив Лямбда-варіант. "Можливо, головні варіанти в нашій циркуляції – Гамма та Лямбда – мають деякі здібності імунної втечі, що призводить до зменшеного захисту навіть з вакциною", – пояснив Цукаяма.

Саме це змусило ВООЗ визнати Лямбду "цікавим варіантом або VOI" – на один щабель нижче від "небезпечного варіанту – VOC". 

В регіоні зафіксовано понад 20% усіх світових випадків коронавірусу та 32% смертей від нього. Латинська Америка це 8% світового населення. Лише 1 з 10 латиноамериканців є повністю вакцинованою особою. В Гондурасі та Гватемалі цей рівень ще нижчий – менш ніж 1%.

Я думаю, ми спостерігатимемо ще одну критичну ситуацію впродовж наступних кількох тижнів,
– сказав NG Альфонсо Родрігес-Моралес, епідеміолог та віцепрезидент Асоціації інфекційних хвороб Колумбії. 

Лябмда в тіні: чому так складно виявити 

Лямбду так довго не могли помітити, бо плутали його з Гаммою (P1) – варіантом з Бразилії. Через обмежені ресурси, перуанський Національний Інститут Здоров'я використовує швидкий і неточний метод. Він полягає в аналізі, чи не сталося змін в гені ORF1ab після кожної мутації. На жаль, він не може розрізнити різні варіанти оригінального SARS-CoV-2. 

Наприклад, Бету та Гамму від тієї ж Лямбди. Щоб це зробити, потрібна технологія генетичного секвенування. А вона – дорога, потребує багато часу та зусиль.

"У нас обмежена здатність проводити повне дослідження геноміки в регіоні. Непросто передбачити та зрозуміти, чому той чи інший варіант стає домінуючим. Треба нарощувати потужності повсюди, не лише в США та Європі", – роздумує Пабло Цукаяма. 

Що змінилося: анатомія штаму 

Лямбда дуже незвичний варіант. Його білок у шипі дуже сильно змінюється у порівнянні з іншими й має 14 мутацій (Дельта, до прикладу – 13). Особливо важлива мутація на локації 452. Вона ж є у Дельті, Дельті+ і, за підозрами вчених, дозволяє легше інфікувати клітини.

Інша – F490S – дозволяє знову заражати вже перехворівших на оригінальний коронавірус. Бо ті перші антитіла вже не настільки ефективні проти нової модифікації й не можуть її нейтралізувати. 

Мається і довгий відрізок з семи амінокислот, який був видалений з регіону на спайк-білку, який зветься NTD (кінцевий домен N або N-terminal domain – 24). Окрім цього, Лямбда також має мутації в згаданому гені ORF1ab. 

Мутації можуть зробити вірус ще більш небезпечним / Графіка PHARMAnetwork 

Останнє знайдено також в інших варіантах: Альфі, Беті та Гаммі. ORF1ab кодує великий білок, що допомагає коронавірусу створювати копії себе (тобто запускає процес реплікації – 24) та придушувати імунну відповідь. Через це, вчені вже створюють противірусну терапію, націлену саме на білки, що вийшли з цього гена. 

Видалені амінокислоти були там, де NTD атакований багатьма антитілами нашого організму. Ця частина спайк-білка, підозрюють вчені, може бути дуже важливою для еволюції вірусу. Втім, не все так просто.

Більше про Дельту Дельта варіант може змінити світ: чому доля людства залежить від удачі

"Сам по собі цей домен не виконує важливих функцій для вірусу і тому він може мутувати й залишатися життєздатним", – пояснила Ши-Мей Лок, вчена-інфекціоністка з Національного Університету Сингапуру. 

Що ще важливіше, антитіла якраз проти NTD, зроблені природним способом самим організмом, можуть блокувати наступні віруси від проникнення в клітину через рецептор ACE2 на її поверхні. Він безпосередньо взаємодіє з шипом вірусу, саме так "корона" потрапляє в організм. 452-га мутація, до того ж може впливати на ефективність вакцин та імунного захисту, послаблюючи хімічні зв'язки. 

Одна мутація на цій позиції й ми маємо швидке поширення варіантів коронавірусу у світі,
– пояснив Євгеній Сокуренко, мікробіолог з Університету Вашингтону. 

Подібна зловісна зміна у варіанті Епсілон робить його високоінфекційним, підвищує здатність рости й зменшує нейтралізувальну активність антитіл. Вирощений в лабораторії варіант з мутацією L452Q був удвічі ефективніший, ніж оригінальний. Щоправда, це дослідження Натаніеля Ландау з Університету Нью-Йорку ще не переглянуте іншими вченими. 

Лямбда та вакцини

Досліджень по другому великому варіанту з Південної Америки поки що дуже мало. Існуючі натякають, що вакцини все ще ефективні, але менше ніж проти оригінального вірусу.

"Ми віримо, що принаймні дві вакцини за технологією мРНК – Pfizer та Moderna – будуть добре захищати як від Лямбди як і від Дельти. Так, частина антитіл вже не працює проти них, але їх все одно досить, щоб боротися з вірусом та ефективно його позбуватися", – запевняє Натаніель Ландау.

Актуально Дев'ять уроків вакцинації у пандемію: що люди мають вивчити на майбутнє

А от щодо CoronaVac ще є питання, бо робота інших вчених показує – антитіла цієї вакцини Лямбда цілком може обходити. Вірусолог з Чилі Рікадро Сото Ріфо, застерігає від поспішних висновків: "Ми ще багато чого не знаємо: чи вища трансмісивність, чи важчий перебіг, чи вища летальність і так далі. Поки в нас нема доказів". 

Китайська вакцина, популярна у Латинській Америці, все ще добре захищає від важкої форми та госпіталізації. Тому вакцинацію треба робити будь-якою доступною в регіоні вакциною й у жодному разі не втрачати пильності.