Новый вариант коронавируса захватывает континенты: почему все говорят о штамме Лямбда

Новый вариант в Латинской Америке

Новый вариант Лямбда вел себя тихо в течение девяти месяцев, но теперь вызывает почти все инфекции в Перу, пишет National Geographic.

Статья является адаптированным переводом. Ссылки на первоисточники указаны в тексте

Еще в декабре его доля была 0,5%, теперь – 90%. А эта страна уже и так страдает от серьезной пандемии коронавируса. Лямбду (он же – C37) впервые нашли в стране Инков в августе 2020 года. Он успел распространиться на большую часть Латинской Америки, а в целом – на 29 стран.

Читайте еще Коронавирус в Перу: ад одного из эпицентров пандемии

Вариант Лямбда уже вызвал большое число заражений, которые стали второй перуанской волной. В соседнем Чили Лямбда ответственна за 31% случаев, генетику которых удалось изучить и это только за два месяца. Это происходит вопреки вакцинации более чем 50% населения Чили.

Возможно, вина лежит на слабой вакцине – в Чили активно используют китайские прививки CoronaVac. Чилийский Университет доказал, что одна доза эффективна лишь на 3%, тогда как две дают защиту только на 56.5%. Другая причина – ограничения сняли слишком рано из-за высокого уровня вакцинации.

Новый вариант коронавируса понемногу распространяется по миру / Графика Down to Earth

Пабло Цукаяма, микробиолог из Университета Перуано Каэтана Эредия в Лиме первым заметил Лямбда-вариант. "Возможно, главные варианты в нашей циркуляции – Гамма и Лямбда – имеют некоторые способности иммунного побега, что приводит к уменьшенной защите даже с вакциной", – пояснил Цукаяма.

Именно это заставило ВОЗ признать лямбда "интересным вариантом или VOI" – на одну ступень ниже "опасного варианта – VOC".

В регионе зафиксировано более 20% всех мировых случаев коронавируса и 32% смертей от него. Латинская Америка это 8% мирового населения. Только 1 из 10 латиноамериканцев полностью вакцинирован. В Гондурасе и Гватемале этот уровень еще ниже – менее 1%.

Я думаю, мы будем наблюдать еще одну критическую ситуацию в течение следующих нескольких недель,
– сказал NG Альфонсо Родригес-Моралес, эпидемиолог и вице-президент Ассоциации инфекционных болезней Колумбии.

Лябмда в тени: почему так сложно найти

Лямбду так долго не могли заметить, потому что путали ее с Гаммой (P1) – вариантом из Бразилии. Из-за ограниченных ресурсов, перуанский Национальный Институт Здоровья использует быстрый и неточный способ. Он заключается в анализе, не произошло ли изменений в гене ORF1ab после каждой мутации. К сожалению, он не может различить различные варианты оригинального SARS-CoV-2.

Например, Бету и Гамму от той же Лямбда. Чтобы это сделать, нужна технология генетического секвенирования. А она – дорогая, требует много времени и усилий.

"У нас ограниченная способность проводить полное исследование геномики в регионе. Непросто предусмотреть и понять, почему тот или иной вариант становится доминирующим. Надо наращивать мощности повсюду, не только в США и Европе", – размышляет Пабло Цукаяма.

Что изменилось: анатомия штамма

Лямбда очень необычный вариант. Его белок в шипе очень сильно меняется по сравнению с другими и имеет 14 мутаций (Дельта, к примеру – 13). Особенно важна мутация на локации 452. Она есть в Дельте, Дельте+ и, по подозрениям ученых, позволяет легче инфицировать клетки.

Другая – F490S – позволяет вновь заражать уже переболевших оригинальным коронавирусом. Ибо первые антитела уже не столь эффективны против новой модификации и не могут ее нейтрализовать.

Имеется и длинный отрезок из семи аминокислот, который был удален из региона на спайк-белке, который называется NTD (конечный домен N или N-terminal domain – 24). Кроме этого, Лямбда также имеет мутации в упомянутом гене ORF1ab.

Мутации могут сделать вирус еще более опасным / Графика PHARMAnetwork

Последнее найдено также в других вариантах: Альфе, Бета и Гамме. ORF1ab кодирует большой белок, что помогает коронавирусу создавать копии себя (то есть запускает процесс репликации – 24) и подавлять иммунный ответ. Из-за этого, ученые уже создают противовирусную терапию, нацеленную именно на белки, которые вышли из этого гена.

Удаленные аминокислоты были там, где NTD атакован многими антителами нашего организма. Эта часть спайк-белка, подозревают ученые, может быть очень важной для эволюции вируса. Впрочем, не все так просто.

Больше о Дельте Дельта вариант может изменить мир: почему судьба человечества зависит от удачи

"Сам по себе этот домен не выполняет важных функций для вируса и поэтому он может мутировать и оставаться жизнеспособным", – пояснила Ши-Мэй Лок, ученый-инфекционист из Национального Университета Сингапура.

Что еще важно, антитела как раз против NTD, сделанные естественным способом самим организмом, могут блокировать следующие вирусы от проникновения в клетку через рецептор ACE2 на ее поверхности. Он непосредственно взаимодействует с шипом вируса, именно так "корона" попадает в организм. 452-я мутация, к тому же может влиять на эффективность вакцин и иммунной защиты, ослабляя химические связи.

Одна мутация на этой позиции и мы получаем быстрое распространение вариантов коронавируса в мире,
– пояснил Евгений Сокуренко, микробиолог из Университета Вашингтона.

Подобное зловещее изменение в варианте Эпсилон делает его високоинфекционным, повышает способность расти и уменьшает нейтрализующую активность антител. Выращенный в лаборатории вариант с мутацией L452Q был вдвое эффективнее, чем оригинальный. Правда, это исследование Натаниэля Ландау из Университета Нью-Йорке еще не пересмотрено другими учеными.

Лямбда и вакцины

Исследований по второму большому варианту из Южной Америки пока очень мало. Существующие намекают, что вакцины все еще эффективны, но меньше чем против оригинального вируса.

"Мы верим, что по крайней мере две вакцины по технологии мРНК – Pfizer и Moderna – будут хорошо защищать как от Дямбда как и от Дельты. Часть антител уже не работает против них, но их все равно достаточно, чтобы бороться с вирусом и эффективно от него избавляться", – уверяет Натаниэль Ландау.

Актуально Девять уроков вакцинации в пандемию: что люди должны изучить на будущее

А вот насчет CoronaVac еще вопрос, потому что работа других ученых показывает – антитела этой вакцины Лямбда вполне может обходить. Вирусолог из Чили Рикадро Сото Рифо, предостерегает от поспешных выводов: "Мы еще многого не знаем: выше ли трансмиссивность, тяжелее ли течение, выше ли летальность и так далее. Пока у нас нет доказательств".

Китайская вакцина, популярная в Латинской Америке, все еще хорошо защищает от тяжелой формы и госпитализации. Поэтому вакцинацию нужно делать любой доступной в регионе вакциной и ни в коем случае не терять бдительность.