Сначала эту должность предложили историку Михаилу Грушевскому, однако он отказался.
Согласно уставу, академия имела три отделения - историко-филологический, физико-математический и социально-экономический. Первыми академиками стали Агафангел Крымский, Владимир Вернадский, Михаил Туган-Барановский и другие.