Диктатор также получил должности главнокомандующего вооруженными силами, председателя Совета революционного командования и генерального секретаря регионального руководства партии арабского социалистического возрождения – БААС.
Первыми шагами нового президента стали массовые чистки партаппарата и органов власти. Хуссейн начал репрессии против руководящих партийцев БААСа, министров и тех, кто помогли ему прийти к власти.
За 24 года при власти Хуссейн неоднократно решал международные конфликты. Масштабным из них стала война Ирака против Ирана, которая началась 22 сентября 1980, и продолжалась в течение 8 лет. В ходе этой войны произошла так называемая "Сумасшедшее сражение", в которой Ирак использовал химическое оружие – иприт.
5 ноября 2006 Трибунал Ирака признал Саддама виновным в убийстве 148 шиитов и приговорил к смертной казни через повешение. После длительных судебных процессов, 30 декабря 2006, бывшего президента Ирака Саддама Хуссейна казнили.