Останні роки життя Алієв страждав від низького артеріального тиску та болі в серці. Під час урочистого виступу у квітні 2003 року Алієву кілька разів ставало погано.
Після госпіталізації глава держави майже не з’являвся на публіці, і зняв свою кандидатуру з президентських виборів на користь сина - Ільхама Алієва.