Останні роки життя Алієв страждав від низького артеріального тиску та болі в серці.
Під час урочистого виступу у квітні 2003 року Алієву кілька разів ставало погано. Після госпіталізації глава держави майже не з'являвся на публіці, і зняв свою кандидатуру з президентських виборів на користь сина Ільхама Алієва.
Гейдар Алієв став президентом Азербайджану у 1993-му році. За кадрового співробітника КДБ СРСР проголовували 98% тих, хто прийшов на виборчі дільниці. Алієв обіцяв припинити війну в Нагірному Карабаху та реформувати економіку. За роки правління Гейдара Алієва Азербайджан став одним з провідних гравців у регіоні завдяки раціональному використанню величезних покладів нафти.
Разом з тим Гейдар Алієв проявив себе як типовий диктатор – завзято придушував опозицію та міняв під себе конституцію країни. Завдяки дружбі з Володимиром Путіном та тісним зв'язкам з Росією глава Азербайджану зробив усе можливе для того, аби довше залишатися при владі.
Зараз в Азербайджані діє культ особи Гейдара Алієва. Його пам'ятники стоять у десятках міст країни, а його іменем названі вулиці та проспекти у кожному населеному пункті Азербайджану.