Бадуеля визнали винним у зловживаннях владою і розкраданні державної власності. Слідство звинувачувало екс-міністра в розкраданнях 18,6 мільйона доларів. Злочин був скоєний у 2006 і 2007 роках, коли він ще обіймав посаду глави військового відомства.

Сам Бадуель у ході процесу наполягав на своїй невинності і заявляв, що його переслідують за критику Чавеса. Одна з дочок Бадуеля заявила репортерам, що головним доказом звинувачення на процесі були свідчення солдатів, що бачили Марваля, що носить якісь чорні мішки, в яких нібито лежали гроші.

У 2007 році Бадуель розкритикував плани Чавеса провести референдум про розширення повноважень президента і перейшов в опозицію. За його словами, Чавес таким чином намагався "узаконити насильницьке захоплення влади". До цього Бадуель вважався одним з головних соратників президента Венесуели. Він обіймав посаду міністра оборони з 2002 по 2007 рік.