За фактами привласнення службовцями двох комерційних структур коштів, одержаних ними як кредити у ВАТ "Комерційний банк "Надра", слідчим відділом прокуратури Києва розслідувалась кримінальна справа, порушена 12 серпня 2009 року Генеральною прокуратурою.
Слідчі встановили, що внаслідок протиправних дій службовців комерційних структур і банку інтересам останнього та його вкладникам завдано матеріальних збитків на суму 384 млн. грн. Слідство встановило чотирьох осіб, безпосередньо причетних до цих злочинів, включаючи голову правління банку, які оголошені в розшук.
Водночас перевірялися й інші епізоди можливих протиправних дій службовців банку під час кредитування юридичних та фізичних осіб.