Янаєв довго та важко хворів. У 91-му Державний комітет із надзвичайного стану призначив його виконувачем обов'язків президента СРСР.
Після провалу путчу Янаєва притягнули до кримінальної відповідальності, він відсидів кілька років. 94-го року Янаєва звільнили за амністією Держдуми Росії.