Бізнесмена звинувачують за статтями "привласнення ввіреної чужої продукції" і "легалізація доходів, отриманих злочинним шляхом". Сума завданих збитків оцінюється в 824 мільярди рублів. Другим фігурантом справи є колишній голова МФО "Менатеп" Платон Лебедєв. Його звинувачують в тих же злочинах, що і Ходорковського. Прокурор вимагав засудити його також до 14 років. В обох випадках передбачається, що відбування покарання проходитиме в колонії загального режиму.
За версією слідства Ходорковський і Лебедєв вкрали у дочірніх компаній "ЮКОСа" "Самаранафтогазу", "Юганскнафтогазу" і "Томскнафти ВНК" 218 мільйонів тонн нафти, а виручені від її продажу гроші легалізували. Раніше розмір розкрадань оцінювався в 350 мільйонів тонн, проте потім звинувачення заявило, що ця цифра з’явилась внаслідок помилки. Ходорковський і Лебедєв також звинувачуються у розкраданні 38% акцій ВНК.
Підсудні не визнають свою провину і називають процес політично мотивованим. Звинувачення з свого боку в ході дебатів відкинуло закиди в політизації справи, що, на думку прокурора Валерія Лахтіна, доведено попереднім вироком. У 2005 році Ходорковського і Лебедєва засудили на вісім років позбавлення волі за звинуваченням у шахрайстві з акціями та ухиляння від сплати податків.