Деян зіграв на чемпіонах світу з футболу за три різні національні збірні. На Чемпіонаті світу 1998 року у Франції Станковіч захищав кольори національної збірної Югославії. В 2006 році у Німеччині він грав у складі національної збірної Сербії і Чорногорії. На цьогорічному мундіалі в Південній Африці Станковіч є капітаном збірної Сербії.