Однак він не встиг завершити роботу над сценарієм.
Балабанов помер на 55-му році життя 18 травня в санаторії у селищі Сонячне в Ленінградській області. Пізніше повідомили, що причиною його смерті стала гостра серцева недостатність.
21 травня Балабанова поховали на Смоленському кладовищі в Санкт-Петербурзі.
Відразу ж після смерті режисера Федір Балабанов, один з його синів, повідомив, що хоче екранізувати незавершений сценарій батька. Йшлося саме про проект під назвою "Мій брат помер". Продюсер Сергій Сельянов тоді ж уточнив, що сценарій не має відношення до фільму Балабанова "Брат".
Останньою завершеною роботою Олексія Балабанова стала стрічка "Я теж хочу". Прем'єра стрічки відбулася до 69-му Венеціанському кінофестивалі у вересні 2012 року.