Вода в озері, яке колись було затокою Азовського моря, високомінералізована, гірко-солона, морського типу.
Через випаровування води влітку площа озера зменшується, а вода в ньому стає в 12 разів солоніша, ніж в Азовському морі. У посушливі роки озеро пересихає повністю, оголюючи своє соляне дно. Одним з багатств Ханського озера є лікувальна грязь.
Читайте також: У російському Забайкаллі площа пожеж зросла у п'ять разів