З приводу його смерті є дві суперечливі версії. Найближчі родичі Ганема запевняють, що він помер у своїй квартирі. Проте в поліції стверджують, що тіло виявили в судноплавному руслі Дунаю в межах міста, і що свою квартиру він залишив рано вранці.
Офіційний представник поліції Роман Хаслінгер повідомив, що тіло у воді пробуло недовго.
"Навіть, якщо хтось і зіштовхнув Ганема в річку, ніяких слідів застосування сили на тілі немає. Можливо, йому просто стало погано, і він впав у воду", — припустив поліцейський.
Причини смерті стануть відомі після розтину. За версією сім'ї, це міг бути інфаркт.
Шукрі Ганем був одним з найближчих соратників вбитого повстанцями лівійського лідера Муамара Каддафі.