Стаття 20 законопроекту визначає структуру податкової міліції. До складу податкової належать: Головне управління податкової міліції, Слідче управління податкової міліції, Управління внутрішньої безпеки ДПА України, підрозділи податкової міліції та слідчі підрозділи у складі відповідних органів державної податкової служби на місцях. Податкову міліцію очолює перший заступник голови ДПА України - начальник податкової міліції.