Незважаючи на те що HTML5 надає сайту багато нових можливостей і з його допомогою вже реалізований HTML5 плеєр, що працює як в десктопних браузерах, так і в мобільних, багато функцій YouTube як і раніше сильно прив’язані до Flash.
У першу чергу плагін Adobe потрібен для інтеграції відео на інші сайти, оскільки без нього поки не можна виводити рекламу, коментарі та анотації поверх відео.
HTML5 вміє надавати прямий доступ до відеофайлу і відображати його в браузері, однак він не здатний динамічно змінювати розмір буфера при зміні якості відео або варіаціях навантаження на сервери YouTube. Також HTML5 поки гірше працює з мікрофоном, веб-камерою і іноді неправильно масштабується на повний екран.
Нещодавно анонсований сервіс прокату відео на YouTube також не буде працювати без Flash, оскільки до нього прив’язана система захисту.
Крім цього, в YouTube розповіли про те, що планують підтримувати в майбутньому обидва популярних зараз інтернет-стандарти: H.264 і WebM. Таким чином, користувачі будь-яких браузерів зможуть дивитися відео на сайті без проблем, а користувачі браузерів, що підтримують обидва стандарти, також зможуть вибирати варіант з кращою якістю.