Першими кроками нового президента стали масові чистки партапарату та органів влади. Хуссейн почав репресії проти керівних партійців БААСу, міністрів та тих, хто допомогли йому прийти до влади.
За 24 роки при владі Хуссейн неодноразово розв'язував міжнародні конфлікти. Наймасштабнішим з них стала війна Іраку проти Ірану, яка почалася 22 вересня 1980 року, та тривала протягом 8 років. В ході цієї війни відбулася так звана "Божевільна битва", в якій Ірак використав хімічну зброю — іприт.
Читайте також: Як комуністи поспіхом знищили понад 20 тисяч осіб на Західній Україні
У серпні 1988 року Аятолла Хаменеї погодився на перемир'я з Іраком. Ірано-іракська війна призвела до колосальних людських втрат, кількість жертв сягнула мільйона осіб. Крім того війна спричинила гостру економічну кризу в Іраку. Зовнішня заборгованість країни складала понад 60 мільярдів доларів США.
Весною 2003 року США розпочали військову кампанію проти Іраку, з метою повалення режиму диктатора. Протягом року Хуссейну вдавалося переховуватись від американців, та 14 грудня в Тікріті Саддама затримали та заарештували.
5 листопада 2006 року Трибунал Іраку визнав Саддама винним у вбивстві 148 шиїтів і засудив до смертної кари через повішення. Після тривалих судових процесів, 30 грудня 2006 року, колишнього президента Іраку Саддама Хуссейна стратили.