Махмудову висунули звинувачення за статтями 105 — вбивство, 222 — незаконний оборот зброї, 125 — залишення в небезпеці та 148 — перешкоджання здійсненню права на свободу совісті та віросповідання.
Також в рамках іншої справи його звинувачують у викраденні людини, вимагання групою осіб з погрозою вбивства.
Анна Політковська була вбита в під’їзді свого будинку на Лісовій вулиці у Москві в жовтні 2006 року. Організатори та виконавці злочину були встановлені слідством, вони постали перед судом, але були виправдані.
Справу повернули на дорозслідування. Замовник злочину досі офіційно не названий.
Опозиційні журналісти та активісти називають можливим замовником вбивства журналістки чинного прем’єр-міністра РФ, кандидата на пост Президента Росії Володимира Путіна.
У кінці лютого стало відомо, що на честь Політковської в Мілані назвали вулицю.