Глава Пентагону Роберт Гейтс, коментуючи призначення аль-Завахірі главою "Аль-Каїди", заявив про те, що у нього немає таких харизми і досвіду проведення операцій, які були у бін Ладена. Також Гейтс пожартував на тему обрання нового лідера організації, заявивши, що "мабуть, нелегко підрахувати голоси виборців, коли ти перебуваєш в печері".

ФБР вважає аль-Завахірі причетним до вибухів американських посольств в Кенії і Танзанії в 1998 році, жертвами яких стали понад 200 осіб. За інформацію про місцеперебування терориста США запропонували нагороду в розмірі 25 мільйонів доларів.