З 2014 року АМПУ очолює Андрій Амелін. СБУ підозрює його у нанесені збитків державі у розмірі понад три мільйони гривень. Адже у 2015 році він занадто дорого закупив паливно-мастильні матеріали.
Влітку 2016 року слідчі спробували арештувати підозрюваного, але Шевченківський райсуд Києва випустив Амеліна під заставу у 1,3 мільйонів гривень.
Читайте також: Тарифи і тендери заради збагачення, за які платять українці
Однак на посаду він досі не повернувся. Тепер в.о. голови призначений Юрій Наконечний.
Згідно штатному розпису апарату управління АМПУ, голова адміністрації морських портів України за місяць роботи заробляє ㅡ 320 тисяч гривень. Відтак за рік його зарплатня може дорівнювати ㅡ 3,8 мільйони гривень.
Посадовий оклад його заступників становить 260-280 тисяч гривень.
Андрій Амелін фігурує у декількох кримінальних провадженнях. Окрім закупівлі палива, слідчі перевіряють законність тендеру на днопоглиблювальні роботи у Бердянському та Маріупольському портах на 712 мільйонів гривень.