Мотивація полягала в тому, що 75% населення краю були вірменами, і лише 23% — азейбарджанці, а саму область ще 1921 року більшовики насильно приєднали до Азербайджанської республіки.
Політбюро Москви заявило, що такі вимоги висувають "екстремісти" й "націоналісти" і про жодне перекроювання кордонів не може йтися. Різка відмова спровокувала перші етнічні сутички, в яких загинуло двоє азербайджанців. У Єревані тим часом пройшли багатотисячні мітинги на підтримку вірмен Нагірного Карабаху.
З часом градус конфлікту тільки наростав. У місті Сумгаїт, що на території Азербайджану відбувся масовий погром: загинуло 26 вірмен та 6 азербайджанців. Сотні людей отримали поранення, чимало з них зазнали тортур і знущань.
У деяких містах Азербайджану і Вірменії ввели надзвичайний стан. У цілому, до 1989 року була завершена депортація понад 700 тисяч азербайджанців та до півмільйона вірмен.
Війська обох республік задіяли найманців із сусідніх країн, на боці азербайджанців воювали тисяча афганських маджахедів та 3 сотні чеченців.
10 грудня 1991 році на місцевому референдумі 99% виборців проголосували за незалежність Нагірного Карабаху. Новоутворену республіку ніхто не визнав, розпочався відкритий етап війни. Бойові дії тривали до весни 1994 року, після чого за посередництва Росії 12 травня в Бішкеку сторони підписали протокол про припинення вогню.
За 6 років війни загинуло понад 30 тисяч осіб, тисячі зникли безвісти. Наступні 20 років конфлікт називали замороженим. Не допомагало ні ОБСЄ, ні Мінська група на чолі з російськими, французькими та американськими дипломатами, ні резолюції Європейського парламенту.
Торік у серпні Нагірний Карабах знову нагадав про себе, лише за один місяць у сутичках загинуло 18 військовослужбовців.